موضوع مستند “قایق کوچک خداوند” درباره ماجراهایی است که هشت آبان ماه سال ۸۸ اتفاق افتاده است. اتوبوس دریایی که تعدادی مسافر از خارک به گناوه می‌آورد در چهار مایلی گناوه دچار حادثه شده و در این میان سه نفر غرق و ۲۳ نفر دیگر توسط صیاد فداکار گناوه‌ای به نام ظهراب رستمی نجات می‌یابند.
