مستند “عیسای خمینی” داستان زندگی حاج عیسی جعفری، خادم روزهای حیات امام خمینی(ره) و ارتباط او با رهبر انقلاب اسلامی ایران است.
حاج عیسی خاطرات زیادی از امام خمینی(ره) دارد که قسمتی از آنها تاکنون در رسانه‌ها منتشر شده است؛ از جمله این خاطرات می‌توان به خاطره پذیرش قطعنامه ۵۹۸ توسط ایران اشاره کرد.
حاج عیسی در اینباره می‌گوید: امام تا دو روز بعد از پذیرش قطعنامه چیزی نخوردند و وقتی بعد از دو روز وارد اتاق شدم امام من را در بغل گرفت و یک ساعت گریه کرد و گفت حاج عیسی! شهدا به مقامی که بخواهند می‌رسند، جانبازان اجرشان را می‌گیرند، اسرا هم برمی‌گردند. اما من چه کار کنم؟
